水肥一體化系統通常包括水源工程、首部樞紐、過濾系統、田間輸配水管網系統和控制軟件平臺等部分，還會配套田間氣象監測站、土壤墑情監測站。在實際生產中由于供水條件和灌溉要求不同，水肥一體化自動施肥系統可能僅由部分設備組成

水源工程

江河、渠道、湖泊、井、水庫均可作為水源，只要水質符合灌溉要求，均可作為灌溉的水源。為了充分利用各種水源進行灌溉，往往需要修建引水、蓄水和提水工程，以及相應的輸配電工程，這些統稱為水源系統。

水源工程主要涉及的控制系統有水泵啟停控制系統，蓄水池水位遠程監測系統等。根據泵房內的水泵、管路等，可靈活設計。

首部樞紐系統

其首部樞紐系統主要包括水泵、過濾器、壓力和流量監測設備、壓力保護裝置、施肥設備（水肥一體機）和自動化控制設備。首部樞紐擔負著整個系統的驅動、檢控和調控任務，是全系統的控制調度中心。

過濾系統

潤田節水，提醒您過濾設備是水肥一體化應用的必備設備，部分使用者錯誤的認為井水或其他水源很干凈，不需要過濾，而事實上井水經常含有粗砂、細砂和一些化學物質，堵塞滴頭。

因此，必須根據水源、水質、灌水器流道尺寸等選擇過濾設備。常用的過濾器有離心式過濾器、篩網式過濾器、疊片式過濾器、砂石過濾器等。